Die Abteilung Provenienzforschung besteht seit 2017. Sie arbeitet unabhängig und ist administrativ der Direktion unterstellt. Ein Steuerungsboard bestimmt die inhaltliche Ausrichtung und sichert die Freiheit von Entscheidungen. Die Beschlüsse des Steuerungsboards bedürfen der Zustimmung des Stiftungsrats der Dachstiftung Kunstmuseum Bern – Zentrum Paul Klee. Ein Beirat unterstützt das Steuerungsboard in fachlichen und moralisch-ethischen Belangen. Private Stiftungen unterstützen die Provenienzforschung im Kunstmuseum Bern wesentlich.